Телеканал НТВ опубликовал расследование «Кровавая империя Ходорковского» о деятельности экс-главы ЮКОСа, в котором рассказывается, что акционеры нефтяной компании вывели из России 51 миллиард долларов. В 2000 году после окончания реформ 90-х годов и стабилизации ситуации в экономике общий консолидированный бюджет России составлял чуть более двух триллионов рублей, что по тогдашнему курсу было равно 70 миллиардам долларов. Опираясь на эти цифры и данные НТВ, можно рассчитать, что Михаил Ходорковский вывел за рубеж почти две трети бюджета России.
«Главной целью расследования наших правоохранительных органов является вопрос, куда исчезли <…> деньги ЮКОСа, которые Ходорковский украл у миноритарных акционеров. А это ни много ни мало 51 миллиард долларов», — говорится в расследовании.
В фильме НТВ советник генпрокурора России Салават Каримов рассказал, каким образом Ходорковский получил контроль над ЮКОСом. По его словам, Ходорковский выплатил несколько сот миллионов долларов (как утверждают авторы расследования — 250 миллионов). Эти деньги на офшоры получили первый директор тогда еще государственного ЮКОСа Сергей Муравленко, первый вице-президент Виктор Казаков, вице-президент Виктор Иваненко и учредитель компании Юрий Голубев, которые потом пролоббировали передачу акций «эффективному инвестору». По словам советника генпрокурора России Салавата Каримова, большая часть выведенных денег находится в Нидерландах.
«Ходорковский им гарантировал выплату стоимости 15-процентного пакета акций ЮКОСа, которая равнялась — уже рыночная стоимость — двум миллиардам долларов. И он реально заплатил <…> несколько сот миллионов на счета, которые были открыты в офшорах на этих четверых топ-менеджеров ЮКОСа», — заявил советник генпрокурора.
В расследовании НТВ рассказывается о том, чем занимается Михаил Ходорковский и его коллеги и где именно они живут. По данным расследования, Ходорковский владеет элитной недвижимостью по всему миру.
В 1997—2004 гг. был совладельцем и главой нефтяной компании «ЮКОС». Арестован российскими властями по обвинению в хищениях и неуплате налогов 25 октября 2003 года. В 2005 году был признан российским судом виновным в мошенничестве и других преступлениях. В 2010—2011 годах был приговорён по новым обстоятельствам; с учётом последующих обжалований общий срок, назначенный судом, составил 10 лет и 10 месяцев.
В декабре 2013 года Владимир Путин на пресс-конференции заявил, что Ходорковский в ближайшее время будет помилован. Путин объяснил помилование Ходорковского гуманитарными соображениями, связанными с болезнью его матери. Сразу после освобождения олигарх покинул Россию и направился в Берлин на самолете бывшего главы МИД ФРГ. Освобождение Ходорковского приветствовали власти США, Великобритании, Германии, Евросоюза. На большой пресс-конференции в Берлине 22 декабря Ходорковский объявил, что после обретения свободы у него нет планов заниматься бизнесом и политикой и спонсировать российскую оппозицию, он намерен сконцентрироваться на общественной деятельности, в том числе на освобождении политических заключённых в России.
В 2014 году был опубликован вердикт Международного арбитражного суда в Гааге по делу ЮКОСа, обязывающий Российскую Федерацию выплатить истцам, компании Group Menatep Limited (GML), 50 миллиардов долларов, а также компенсировать судебные издержки в 65 миллионов долларов. В ноябре 2014 года это решение было обжаловано Россией, а 20 апреля 2016 года голландский суд аннулировал решение международного арбитража о присуждении компенсации в 50 миллиардов долларов бывшим акционерам ЮКОСа.