Перед выборами в Госдуму 2003 года, Геннадий Зюганов направил в Генпрокуратуру и Центризбирком депутатский запрос с требованием возбудить административное дело против президента Путина и оштрафовать его на сумму 22 500 рублей за ведение предвыборной агитации вне агитационного периода партии «Единая Россия». В требовании было отказано, а суды высшей инстанции не встали на сторону лидера КПРФ.
Несмотря на подковерную борьбу власть имущих против коммунистов, нельзя отрицать и внутренние проблемы КПРФ. Расколы и борьба внутрипартийных элит, которые сопровождали партию всю ее постсоветскую историю, не всегда были инициированы режимом, но часто играли ему на руку.
Пароходный съезд 2004 года — Зюганова попытались сместить его соратники под руководством группы известных партийцев: секретарь ЦК КПРФ и губернатор Ивановской области Владимир Тихонов, первый заместитель Зюганова Сергей Потапов и зампред Госдумы от фракции КПРФ Геннадий Семигин.
Раскол не удался, Минюст признал альтернативный съезд нелегитимным, а группа коммунистов была изгнана из КПРФ. Эксперты и коммунисты придерживаются разных мнений относительно этого события: одни говорят, что раскол был затеян администрацией президента, другие — проспонсирован бизнесменом Семигиным, который хотел отобрать власть у Геннадия Зюганова.
Примечательно, что тогда на стороне Геннадия Зюганова выступил лидер партии «Яблоко» Григорий Явлинский. В своем заявлении он назвал действия против КПРФ «грязными формами черного политического PR», «административным куражом и издевательством над миллионами избирателей».
После 2004 года КПРФ пережила еще несколько внутрипартийных кризисов, по итогам которых из партии были выведены или ушли самостоятельно активисты Москвы, Санкт-Петербурга и некоторых других региональных отделений. На основе покинувших партию коммунистов были созданы такие образования, как «Коммунисты России» Максима Сурайкина, Объединенная коммунистическая партия (ОКП) и некоторые другие более мелкие структуры. Все они обвиняли Геннадия Зюганова в авторитаризме внутри партии и оппортунизме на политической арене, подыгрыванию Кремлю.
Лидер коммунистов всегда отрицал игру в поддавки с властью. Его неоднократно судили, штрафовали, раскалывали партию, дробили электорат путем создания объединений, не имеющих отношения к коммунистам, но играющих на их поле — «Родина» и «Справедливая Россия». Впрочем, ни первая, ни вторая не смогли заменить собой КПРФ и Геннадия Зюганова.
Единственный судьбоносный момент, когда Геннадий Зюганов и власть сошлись во мнениях и позициях — «Мюнхенская речь» Владимира Путина в 2007 году, чуть ли не по лекалам списанная с выступлений лидера КПРФ, и присоединение Крыма в 2014 году и последовавшие за ними санкции.